在19世纪，政府聘请了一位海洋生物学专家来确定在海洋中沉没的船只。他的女儿跟着他。他们被神秘的尼莫船长和他不可思议的潜艇拦截。

世界各地接连出现神秘海怪毁坏商船事件，引发恐慌，传言海洋面临灾难。潜艇阿力决定集结伙伴追踪“海怪”，却发现“海怪”是一艘以“环保”为借口来开展邪恶计划的科技潜艇。为了解开这些谜团，阿力和朋友们利用所学知识，开始了海底两万里的漫游探险。