美丽而又耀眼的——美少年侦探团，开幕！

2117年。未来东京。怪人二十面相与明智侦探的战斗，历经7代后仍在继续。7代目小林少年所率领的少年侦探团，也仍然适度地将惊险的动作冒险夹杂在日常当中，悠然地度过每一天。但此时某个人物“怪人二十面相”却隐藏着恐怖的阴谋……。究竟7代目小林少年与7代目明智小五郎能否阻止怪人二十面相的暴走呢？

他为了死亡，选择了侦探之路……                                    　　时为2030年代。                                    　　集合在神秘侦探明智小五郎手下的“少年侦探团”。                                    　　他们以天赋的行动力，将大大小小的事件导向解决。                                    　　某天，成员花崎健介遇到了神秘的少年小林芳雄。                                    　　由于“正体不明的烟雾”而变成“无法死去”之身的小林，                                    　　期盼着自身的死，拒绝与他人的接触。                                    　　对于这样的他的存在怀有兴趣的花崎向他提出“要不要加入‘少年侦探团’？”……                                    　　小林与花崎。他们的相遇，                                    　　终将与世纪的犯罪者怪人二十面相和明智小五郎的因缘相互交错，                                    　　并推动两人的命运……

性格内向消极的浩然比起交朋友，更喜欢独自在家玩电脑。一天，浩然在放学回家的路上，被飞来的足球砸到后背摔倒了。满肚子委屈的浩然找到足球队去理论，但是足球队的队员们却像什么都不知道似的不认账。这时，浩然遇到了自称是三一四侦探团的学生，其实三一四侦探团的孩子们都是参加学校数学兴趣班的同学，平时大家聚在一起学习数学。神秘的侦探团成员通过数学知识，找出了真正的踢球者。而浩然也因此误打误撞地成为了侦探团的预备生。之后，浩然和三一四侦探团的小伙伴们，利用数学知识解决了一个又一个发生在学校和生活上的大大小小的问题，这时，三一四侦探团收到了对质数的偏执近乎于疯狂的质数狂人的挑战书。在看到三一四侦探团解决了一系列问题后，浩然也下定决心，努力学习数学，与小伙伴们一起打败质数狂人。