故事发生在明朝，皇帝（宋运成饰）病重昏迷，皇位悬而未决，此事搅得朝中人心惶惶。在这个节骨眼上，京城之内发生了连环杀人案件，朝廷委托京师六扇门调查此案，捉拿凶手，以平民怨。申梓木（黄文豪饰）是六扇门的统领，深知此案件蹊跷必会牵连到宫墙之内，本想草草了事结案，没想到自己的儿子申力行（林峰饰）被牵扯其中。在父子两人的协力合作之下，案件水落石出，却也令皇后曾经犯下的罪行重新浮出水面。申梓木遭人暗害，悲痛之中申力行将来龙去脉禀报苏醒的皇上，使得皇位落入了齐王（方中信饰）手中。一次偶然之中，申力行发现父亲的死和齐王有着牵扯不清的关系，此人极为阴险狡诈，是事件背后的真正黑手。

明代正德年间，董云飞是六扇有名的捕快。为破恩师叶国涛被害案，他联合蓝相爷等一批忠臣良将历经风险主持正义、为民除害，最终找到的真正的罪孽私藏国宝的丁鹤天，案件大白于天下。

影片讲述了正德年间，刘瑾独揽朝纲，数月，京城内外数富户家中被盗，凡被盗日，定有一人携金银救济贫苦，百姓尊为“盗圣”，皇帝听此事大发雷霆，命雷豹捉拿。雷豹之女雷婷痴迷武功，想闯荡江湖，父亲反对，她便一气之下离家出走。偶遇司空摘月，但雷婷却不知此人为盗圣，二人携手开始闯荡江湖......

本影片讲述了明朝中叶，上骑都尉匡天干为达成谋反，私自伪造"大明通行宝钞"并让其所管辖的军队在邻省大肆购买各种物资，一度造成江南物价飞涨、货币贬值的行径让皇帝大怒，派出六扇门彻查，并引发破获江南系列伪造宝钞案件的故事。

武林绝学“血手印”惊现江湖，引出一桩奇案。六扇门最不靠谱的小捕快彭羽天奉命调查，行至洛阳青云阁后，风波频起。彭羽天为了维持六扇门的名声，唯有硬着头皮，从各种刁钻角度进行调查，笑话百出，最终引出一段感人至深的母女亲情故事，正义得以昭彰。

明朝中叶，皇帝怒查军粮亏空，钦定为空印案。三法司衙（俗称六扇门）奉命追查，以季同归为首的捕头反被陷害，无奈之际隐姓埋名继续追查。案件明朗，东厂提督与国相先后叛乱，危难之际六扇门联合锦衣卫挺身而出。

江湖术士安东野，本是个技艺不精的半吊子，无意中为唐门千金唐小美卜了一挂，惹怒了唐小美，被其痛扁。因此被周小丽误会成流浪汉，安东野对其一见倾心，为了报恩四处追寻周小丽，却阴差阳错的拿到了六扇门的招考简章，而在考试中再次遇到了唐小美，经过笑料百出的应考过程，六扇门录取了四个新人，分别是：安东野、雷娇娇、彭鱼宴以及唐小美，四人每天互相斗嘴，在不知不觉中磨合训练成为了一支奇特的破案小分队。而此时，武林四大世家火并，发现凶手却另有其人，而四人受命追查真相，在克服重重艰难险阻的过程中逐渐认识到团结的重要性，四人开始精诚合作各展所长，并充分发挥了四人的嘴炮功夫，成功制服凶手贪魔流影。然而，原本以为完美收官的众人却被告知，贪魔流影乃是青龙会护法，而青龙会的目的竟是天子门，为了瓦解青龙门的阴谋，四人受命混进天子们听讲学，而安东野则一边卧底一边追求着周小丽，而案件的真相也渐渐浮出水面，令众人意外的是，凶手竟然是身为天子门副校长的仇白蝠，这一切都是为了能够让金国势力渗透进大宋朝廷，经此一案，六扇门四人组立了大功，而宋东野与周小丽也在唐小美的帮助下成功约会，而此时，唐小美却发现自己对宋东野的感情发生了变化。正当安东野坐着左拥右抱的美梦时，周小丽失踪多年的丈夫玉天野却又突然出现了，而他的出现，打破了三角恋的同时，似乎又关系到一场更大的阴谋…….

一宗多年前的杀人案浮出水面，牵出一个在逃的杀手，六扇门捕快张一和刘魁联手侦查，发现案中有种种蹊跷，就在案情逐渐大白时，刘魁和张一的身份也浮出水面，刘魁为了张一牺牲了自己，而张一则决定和过去诀别。

张一奉命执行一项任务，不想却中了圈套。周冲带着祝英前去营救，里应外合救出张一，并从倭寇手中救出数名村民，将倭寇头子竹下一郎正法，投敌叛国的将军刘猛受到惩罚。周冲和张一祝英正式组成“玄武”小组。

京城出现天启通宝的假币，皇帝大怒，命六扇门彻查此事，玄武小组成员奉命调查此事，顺藤摸瓜发现巨贾柳百川与假币案有千丝万缕的联系，随着调查的深入，他们发现了柳百川的另一个身份，也由此离真相更近了一步。

一伙神秘匪徒意欲在即将举行的祭天盛典上行刺皇帝，六扇门必须在此之前将该案破获。种种线索指向襄阳的苍生客栈，当玄武小组赶到时，一伙匪徒竟将整个客栈的客人劫为人质——而他们的目标，却在所有人的预想之外……

大金使节达哈苏出使大明以求两国平和，六扇门接到使命护卫。却不料达哈苏抵达后，其副手俄然发问，里应外合占据了六扇门，目的是要杀死达哈苏，挑起两国战役。面临沦亡，同门惨遭屠杀，玄武小组打开拼死的激战。

天启皇帝驾崩，崇祯即位之时，准备法办奸臣魏忠贤一党，在这关键时刻却发现记载魏罪证的万言书被盗，六扇门和魏忠贤的党羽银鬼同时出发追踪盗书之人，并展开了关乎正邪交锋、恩怨情仇甚至社稷安慰的最终“绝战”！

专门关押监犯的黑山监狱年久失修，欲将监犯搬运，六扇门接到任务帮忙。张一带着唐珂前往预备，不料监狱中临时关押的两个女犯却引来了一批奥秘杀手血洗铁牢，张一和唐珂无可奈何联合狱中监犯一起抗敌，等待救援……

多年前一次失误，捕头周冲多名部下丧命玄铁镖，周冲也一蹶不振。最近内阁大臣蒋进之女遭绑架，案发现场竟发现了玄铁镖踪迹，周冲请命重回六扇门，顺藤摸瓜打入敌穴，救出蒋进之女，并一步步接近当年阴谋的真相……

神秘杀手杀死琴馆盲女，引出了逃亡在外的唐珂。追查中张一发现，仍有十枚毒火球流落江湖，并被一个女杀手计划用来除掉朝中反对魏忠贤的一干忠臣！危急时刻，玄武小组再次出战，而唐珂也由此将了结唐门的血海深仇。

高丽叛军突起，大明援其火器并由高丽将军崔代元押送，不料途中被劫，六扇门玄武小组调查发现是监守自盗盖因崔之义女被叛军绑架，陷崔于两难境地。玄武小组为崔打动，誓在追回火器的同时救出人质，保其忠义两全！