半空之中，漂浮着闪烁着多彩光芒的“知识之箱”，那里面藏着数不尽的世界、时间和人类。杜娅尔（种田梨沙配音）与多萝茜（佐仓绫音配音）穿梭于“知识之箱”之中，与侵蚀各个世界的病毒作战。凡是被病毒污染的世界，必须尽快予以消除。某天，两人感觉到新病毒的出现，她们赶了过去，结果发现遭到病毒袭击的少女莉莫（花守由美里配音）。少女失去了记忆，只知晓性命，她说出的第一句话关系着所有人的命运…

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六六:“七七，如果一早知道是这个结局，我们还会相爱吗?”七七:“不会了”

御园麻由（大政絢饰）是一个美丽但是性格有些孤僻怪异的女孩，在学校里她绝少和人交流，终日独来独往，行踪神秘。这一日，一名俊秀的男孩找到了她，这个被麻由称作“阿道”（染谷将太饰）男孩给她带来了无尽的欢喜。在此后的一段日子里，阿道住进麻由的公寓，二人同吃同住，亲密无间，俨然一对未曾经历分秒分离的情侣。偶然的机会，阿道发现麻由的房间内竟然藏着两个全身被捆绑起来的小孩，而他们正是今日新闻热炒的失踪幼童。这一切不可避免地勾起了阿道和麻由所共有的悲伤回忆，他们童年时似乎也曾被人绑架，并遭遇过非人的耻辱虐待，童年的遭遇在各自心中留下难以抚平的伤痕……　　本片根据入間人間的轻小说改编。