在第二季中，遵循义宗的意志和年轻医生们出发消灭天花的故事将首次形象化到江户时代末期，当时幕府人民努力不流血地投降江户城并恢复帝国统治。

当一场神秘的瘟疫导致男性人口迅速下降时，该国的女性被迫承担起江户社会的核心权力角色。德川幕府的第八任幕府将军吉宗很好奇为什么女性在继承家族血脉时要用男性的名字，她查阅了一份名为“末日编年史”的大奥档案，该档案可以追溯到德川第三任幕府将军家光时代。在通读这本书时，吉宗开始揭开内室的历史。

该剧设定在幕府为财政进行享保改革时期，有江户幕府“中兴之祖”、“暴坊将军”之称的德川第八代将军德川吉宗的时代，讲述作为他的精神支柱一直在背后默默支持他的侧室久免的人生故事。

18世纪初，日本正处于德川幕府统治时期。是时一种名为“赤面疱疮”的恶疾在岛内流行，患病者无一例外皆为男性，此恶疾顽固难治，致令死亡人数不断攀升，更令日本国内男女比例严重失调。居住在江户的旗本武士水野家家境贫困，为帮父母缓解压力，19岁的少年武士祐之进（二宫和也饰）作别青梅竹马阿信（堀北真希饰），决然前往大奥供职。由于男性稀少，大奥成为了各色美男的天下。这群男人为了权力和地位乃至将军的宠幸争风吃醋，明争暗斗，与女子不遑多让。不久，新任将军吉宗公（柴咲コウ饰）入住江户，男性后宫由此再起波澜……

明治时代。江户城投降前夕，丸（池胁千鹤饰）在天圣院敦子（菅野美穗饰）的帮助下从大奥回来，找到了里面的日记。不知不觉中，与敦子的记忆以及大奥发生的事情像一道闪光一样在鹿丸的脑海中浮现出来……当丸正在回忆这些回忆时，一位意想不到的女人来访。更重要的是，他与前大奥总督察泷山（浅野优子饰）重逢。当我听到这个故事时...另一边，一名身着西服的女子，犹如一阵风，坐着人力车从玛鲁身边疾驰而过。原来是敦子……

幕末时期，日本国内外局势动荡，时代交替的风暴即将到来。为瓦解幕府的统治，西南萨摩藩主岛津齐彬（本田博太郎饰）将分家忠刚的女儿笃子（菅野美穂饰）收为养女，并送入大奥成为13代将军家定（北村一辉饰）的正室。时幕府内外围绕继承人的问题展开热议，幕府一派推选纪州庆福（神木隆之介饰），齐彬为代表的倒幕派则主张推选庆喜。笃姬作为柔弱女性，无奈卷入残酷的政治斗争中。外有养父的使命嘱托，内有泷山夫人（浅野ゆう子饰）的阻挠和刁难，怀有各种目的的女子云集大奥，各自上演纷争乱世的哀婉悲歌……

时为19世纪中叶，世界各国正孕育着一场变革风潮，即使闭关锁国的日本也无法置身其外，拥有两百多年历史的德川幕府正渐渐走向终点。

本剧讲述了东山天皇的皇子·闲院宫直仁亲王的女儿、拥有皇室血统的公家之女·五十宫伦子，在京都老老实实地长大，拥有从不怀疑别人、纯真温柔的性格，但另一方面内心坚强，聪明伶俐。但是，作为朝廷和幕府之间的桥梁...

当一场神秘的瘟疫导致男性人口迅速下降时，该国的女性被迫承担起江户社会的核心权力角色。德川幕府的第八任幕府将军吉宗很好奇为什么女性在继承家族血脉时要用男性的名字，她查阅了一份名为“末日编年史”的大奥档案...

战国乱世，天下初定。德川幕府建立，拉开了最后一个武家王朝两百多年的序幕。时有乱臣之女阿福（松下由树饰），因手刃猖狂的小妾而被丈夫休出家门。阿福满怀羞辱和悲愤，抛弃三个年幼的孩子来至江户。适逢二代将军秀忠的正室阿江与夫人（高岛礼子饰）临产，阿福应征成为乳母。世子竹千代不久诞生，阿江与虽心怀不舍，却只能看着刚出世的孩子被交予乳母养育，从此在心中埋下仇恨的种子。此后的岁月里，阿福所抚育的竹千代以及阿江与养育的次子国松展开连番争夺继承人的斗争。                                    　　更名为家光（西岛秀俊饰）的竹千代最终成为三代将军，阿福也作为大奥总管，开启了其德川女帝的辉煌篇章……

神秘绝症赤面疱疮的出现，彻底改变德川幕府的命运。男女逆转的格局形成已达三十年之久，第五代将军纲吉（菅野美穗饰）坐镇幕府，指引着日本朝向未知的方向航行。大奥深宫，侧室传兵卫（要润饰）凭借将军之父桂昌院（西天敏行饰）的庇护和为将军生下独生女松姫的功劳而荣耀一时。与之对立的御台所信平（宫藤官九郎饰）深表不满，从京都找来兼具美貌与才华的公家落魄子弟右卫门佐（堺雅人饰），企图夺取将军的宠幸。右卫门佐机敏果敢，他的言行得到将军赏识，从此一跃成为执掌后宫大权的总取缔。此后的岁月里，为子嗣和政治心力交瘁的纲吉，以及在派系斗争中周旋往复的右卫门佐，彼此的命运深深扭结在一起……                                   本片根据少女漫画家吉永富美原作改编。

18世纪初，日本正处于德川幕府统治时期。是时一种名为“赤面疱疮”的恶疾在岛内流行，患病者无一例外皆为男性，此恶疾顽固难治，致令死亡人数不断攀升，更令日本国内男女比例严重失调。居住在江户的旗本武士水野家家境贫困，为帮父母缓解压力，19岁的少年武士祐之进（二宫和也饰）作别青梅竹马阿信（堀北真希饰），决然前往大奥供职。由于男性稀少，大奥成为了各色美男的天下。这群男人为了权力和地位乃至将军的宠幸争风吃醋，明争暗斗，与女子不遑多让。不久，新任将军吉宗公（柴咲コウ饰）入住江户，男性后宫由此再起波澜…… 　　本片根据よしながふみ的同名少女漫画改编。

神秘绝症赤面疱疮的出现，彻底改变德川幕府的命运。男女逆转的格局形成已达三十年之久，第五代将军纲吉（菅野美穗饰）坐镇幕府，指引着日本朝向未知的方向航行。大奥深宫，侧室传兵卫（要润饰）凭借将军之父桂昌院（西天敏行饰）的庇护和为将军生下独生女松姫的功劳而荣耀一时。与之对立的御台所信平（宫藤官九郎饰）深表不满，从京都找来兼具美貌与才华的公家落魄子弟右卫门佐（堺雅人饰），企图夺取将军的宠幸。右卫门佐机敏果敢，他的言行得到将军赏识，从此一跃成为执掌后宫大权的总取缔。此后的岁月里，为子嗣和政治心力交瘁的纲吉，以及在派系斗争中周旋往复的右卫门佐，彼此的命运深深扭结在一起……　　本片根据少女漫画家吉永富美原作改编。

该剧改编自吉永史的人气漫画，编剧由森下佳子担任，讲述男女逆转的江户平行世界的故事，德川家光时代天花流行让男性人口骤减，社会结果也发生了翻天覆地的变化，第三代将军家光之后女性接管幕府将军之位，作为幕府威望证明的大奥聚集了“三千美男”。原著漫画过去也曾改编影视剧，此次是第一次完成讲述从三代将军家光篇到最后大政奉还的真人版作品，从“三代德川家光×万里小路有功篇”、“五代德川纲吉×右卫门佐篇”、“八代德川吉宗×水野祐之进篇”一直讲到大政奉还的时代。