平凡的中学生鹿目圆（悠木碧配音）有一个美满的家庭，在生活中她是个性格温顺又有爱心的好孩子。转学生晓美焰（斋藤千和配音）的出现打破了小圆平静的生活，这个性格酷酷又体弱多病的黑长直少女似乎对小圆有着什么难言之隐。命运中的相遇出现了，小圆在路边救下了一只浑身是伤的奇怪动物，没想到这只动物居然会说人类的语言。它告诉小圆它的名字叫丘比（加藤英美里配音），并且提出了一个特殊的要求，它希望小圆能够和它签订契约成为魔法少女。

願望的代價，究竟是希望還是絕望——。

本作品改编自水谷绿所著《小圆26岁，是实习医生！》《慌慌张张地当实习医生。》《我在离岛当实习医生。》“医生也想要幸福！”的主人公实习医生，在因令和的工作方式改革而不断变化的医疗现场，面对“实习医生是客人”的讽刺而感到困惑，面对资深医生们的考验，和同期的同事们互相鼓励，作为医生和女性，在满是男人的繁忙职场中，面对恋爱、工作和生命的浓厚两年的成长故事！

宁静祥和的见泷原市，全靠魔法少女鹿目圆（悠木碧配音）、美树沙耶香（喜多村英梨配音）、巴麻美（水桥香织配音）以及佐仓杏子（野中蓝配音）守护，一次次击败了人类灵魂深处产生的“梦魇”，全力包围着她们...

作为实现愿望的代价，在无人知晓的情况下不断战斗的魔法少女们。然而，环伊吕波，却忘记了自己的愿望。“成为魔法少女的时候，我是许了什么愿望来着？”日常当中突然出现的空洞。失去了的某件重要之物。连理由都不知...

抱持着帮助他人而化身魔法少女，与此同时却必须背负着残酷的命运。在接二连三的战斗中，善良的美树沙耶加（喜多村英梨配音）彻底耗尽自己的生命。当她的尸体被晓美焰（斋藤千和配音）和佐仓杏子（野中蓝配音）...

市立见泷原中学，又迎来平静祥和的一天。就读于二年级的女孩鹿目圆（悠木碧配音）和朋友美树沙耶加（喜多村英梨配音）、志筑仁美（新谷良子配音）尽情讨论恋爱的话题，享受少女的快乐青春。这时班上转来了名叫晓美焰（斋藤千和配音）的新生，这个带着些许神秘气质的女孩让小圆颇感疑惑。与沙耶加下学回家路上，小圆听到呼救声，声音来自一只浑身伤痕累累的未知生物，而追杀它的正是晓美焰。危急时刻，她们得到同为见泷原中学学生的魔法少女巴麻美（水桥香织配音）的帮助，进而得知那只名叫丘比的生物有能够帮助人变成魔法少女的能力。少女们无意间开启了通往另一个世界的大门……　　本片为魔法少女的剧场版，分三部上映，由TV版12话重新编集而成。