庆应三年——幕末动乱时代。　　由于将军德川庆喜的大政奉还，江户幕府濒临解体，幕府与讨幕派的对立日渐激化。近藤勇、土方岁三率领的新撰组，在经历油小路事件后遭受重创，即使如此仍然决定向庆喜效忠。　　此时，皇帝向萨摩藩、长州藩下达了讨幕的密敕，并紧接着颁布了王政复古的大号令。朝廷宣告了德川幕府的终结。对此承诺的庆喜移居大阪，新撰组也再一次以并非“浪士集团”而是“幕臣”的身份备战，将屯所移至伏见奉行所。　　新撰组队士·市村铁之助，怀着对从以前开始就关系亲密的少女·沙夜的思念，以副长·土方岁三小姓的身份，与身为队医的好友山崎烝、兄长辰之助一起，准备共同迎来身为新撰组一员的命运，但……。　　期盼成为武士而前往京都的年轻人们，为了能够衣锦还乡而向着战斗突进。即使最终迎来的会是悲伤的别离……。

本作讲述了池田屋事件后铁之助在新撰组的生活以及在平静生活假象之下暗暗涌动的时代浪潮。日本将迎来一次惊天动地的变革，时代将掀起巨大的浪潮，所有人包括故事的主角们将无一例外地被时代的洪流所淹没……幕末，新撰组即将颠覆，明治维新的曙光开始闪现，是去是留，是生是死，每个人都到了选择的时刻。

在青梅竹马小兰（忽那汐里饰）的鼓动下，工藤新一（溝端淳平饰）半推半就乘上飞往京都的飞机，去观摩正在那里拍摄时代剧的毛利小五郎（陈内孝则饰）的表演。飞行途中，名叫大鹰和洋（波冈一喜饰）的摄影师陈尸洗手间，引起乘务组的恐慌。工藤新一就在1万英尺的高空展开推理。好不容易来到京都摄影所，针对男主角樱庭（中村俊介饰）的谋杀预告传来，不久更有一名女演员遇害。新一和对手服部平次（松坂桃李饰）展开竞技般的推理…… 本片根据青山冈昌的同名人气漫画改编。©豆瓣

故事发生在日本的元志元年，江湖险恶，人心动荡。为了复仇，个头矮小父母双亡的少年铁之助（小林由美子配音）以成为“鬼”为目标，要求加入当时十分有威望的武士组织新撰组。在新撰组里，铁之助认识了外表温柔剑术...