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动画以被神秘的外星人德拉克特毁灭了几乎所有人类的地球为舞台展开。过去人类为了躲避外星人而藏身的避难所伊克西亚，毁灭之日的记忆被抹去的居民们什么都不知道地过着普通的生活。但是住民中也有一部分的“被选中的人”们，驾驶着名为罗格的巨大机器人与外星人战斗着……

讲述的是宫本武藏和兵法名宿吉冈家族对决的故事，由动作片演员坂口拓饰演宫本武藏，山崎贤人饰演武士“忠助”——率领吉冈一族100人和其他流派的300人，为好友吉冈清十郎复仇，讨伐宫本武藏。

宿命的相逢之后，佐佐木小次郎（鶴田浩二饰）苦练技艺，一心打败宫本武藏（三船敏郎饰）。这之后，小次郎来至江户谋求官职，期间与同在江户的武藏邂逅，两人约定东门决斗。然决斗前夜，武藏致信请求将决斗延期一年。次日武藏和城太郎（樱井将纪饰）、熊五郎（田中春男饰）旅行来至乡下，师徒三人一面锄地耕作，一面教习农民武艺，抵抗土匪。　　这期间阿通（八千草薰饰）和朱实（冈田茉莉子饰）先后来此寻找武藏，朱实更在匪乱中不幸丧命。一年后，小次郎成为细川家臣，岩流岛将成为他和武藏的命运转折点……

经过生死考验的新免武藏（三船敏郎饰）在僧人泽庵（尾上九郎又兵卫饰）的举荐下侍奉大名，并更名宫本武藏。为了磨练意志和武艺，他离开等待自己的阿通（八千草薰饰），四处云游挑战强者。　　一路上打败诸多高手的武藏挑战吉冈拳法道场，适逢馆主清十郎（平田昭彦饰）外出，内中徒众一一落败，武藏留下挑战书扬长而去。然吉冈徒众怀恨在心，几番设计谋害武藏，皆被破解。而另一方面，武藏却与阔别已久的阿通和朱实（冈田茉莉子饰）不期而遇，刀光剑影中，武藏对爱情作出了断，也完成了和宿敌佐佐木小次郎（鶴田浩二饰）的初次相逢……

宿命的相逢之后，佐佐木小次郎（鶴田浩二饰）苦练技艺，一心打败宫本武藏（三船敏郎饰）。这之后，小次郎来至江户谋求官职，期间与同在江户的武藏邂逅，两人约定东门决斗。然决斗前夜，武藏致信请求将决斗延期一年。次日武藏和城太郎（樱井将纪饰）、熊五郎（田中春男饰）旅行来至乡下，师徒三人一面锄地耕作，一面教习农民武艺，抵抗土匪。　　这期间阿通（八千草薰饰）和朱实（冈田茉莉子饰）先后来此寻找武藏，朱实更在匪乱中不幸丧命。一年后，小次郎成为细川家臣，岩流岛将成为他和武藏的命运转折点……

经过生死考验的新免武藏（三船敏郎饰）在僧人泽庵（尾上九郎又兵卫饰）的举荐下侍奉大名，并更名宫本武藏。为了磨练意志和武艺，他离开等待自己的阿通（八千草薰饰），四处云游挑战强者。　　一路上打败诸多高手的武藏挑战吉冈拳法道场，适逢馆主清十郎（平田昭彦饰）外出，内中徒众一一落败，武藏留下挑战书扬长而去。然吉冈徒众怀恨在心，几番设计谋害武藏，皆被破解。而另一方面，武藏却与阔别已久的阿通和朱实（冈田茉莉子饰）不期而遇，刀光剑影中，武藏对爱情作出了断，也完成了和宿敌佐佐木小次郎（鶴田浩二饰）的初次相逢……

新免武藏（三船敏郎饰）与好友本位田又八（三国连太郎饰）为出人头地，参加了关原之战，但武藏这一方遭遇惨败。两个人逃亡途中迷路，幸得阿甲（水户光子饰）和朱实（冈田茉莉子饰）母女相救。武藏拒绝了朱实的求爱，独身返回故乡美作，又八则抛弃老家的爱人阿通（八千草薰饰），与阿甲结合。　　武藏强闯关卡被官兵通缉，又八的母亲亦因为看不到儿子愤恨不已，武藏成了众矢之的。关键时刻僧人泽庵（尾上九郎又兵卫饰）搭救武藏，将其吊在树上磨练意志。一代宗师宫本武藏开始经历人生第一个磨难……