边塞四镇遭受了不明袭击，人员无故失联。三火等人收到消息之后在朝廷公主的号召之下一行人在向导“墨”的带领之下踏上去往烈风谷的道路，打算一探究竟。路上众人遭到了来自幽魂的袭击，死伤各半，也逐渐揭开了此次要调查的事情真相。三火等人为了平息这场异动，重整之后继续上路。在烈风谷江流儿用自己的大爱化解了幽魂一直以来的仇恨，平息了这场骚动，却不料真正的阴谋才刚刚开始……

前作『銀河旋風ブライガー』のラストで語られたカーメン・カーメンによる大アトゥーム計画（木星爆破による新惑星の大量創造）から600年、時代は28世紀を迎えていた。人類は地球軌道上に35の植民惑星を築いて移り住み、星々は太陽系管理機構ドメスチック・バクーフ（モデルは幕府）によって統治されていた。                                   しかし、メリーカ（モデルはアメリカ）・エンゲーレス（モデルはイギリス）・ランス（モデルはフランス）等の外宇宙艦隊（異星人）との接触をきっかけにバクーフ統治体制の弱体化が露見、ロングー（モデルは長州藩）・ゴワハンド（モデルは薩摩藩）・トルサ（モデルは土佐藩）等の反体制派の惑星が台頭するなど、太陽系は混迷を極めていた。                                   そんなある日、伝説のJ9に憧れるドン・コンドールらは、太陽系で一旗上げるべく仲間達と共に「銀河烈風隊」を結成する。銀河烈風隊は、バクーフのリーダーである総将軍アーウィン14世の護衛を務めたのをきっかけに、バクーフ特別警備隊に組み込まれ、闇の武器商人スリーJから手に入れた巨大ロボット・バクシンガーを駆り、反バクーフ勢力と戦う事になる。