清朝末期，西方列强暗中窥探，恃强霸权，百姓民不聊生。此时民间天降“神谕”，传言大清要亡。恰逢此时顾命大臣接连暴毙，更是加以佐证“神谕”。为堵住悠悠众口，皇上决定举办祭天仪式，并暗中任命侥幸存活的九门提督富察·御恒秘查此案。富察·御恒自知此案件的严重性，稍有差池，必定朝廷动荡。只好去请自己好友前武状元、现丐帮帮主苏灿寻求帮助，事情的严重性再加之富察·御恒软硬兼施，苏灿答应介入。但接下来意外接踵而至，先是苏灿和富察·御恒频遭暗杀，紧接着多名大臣暴毙，且相同都是肉身尽被腐蚀。刺客皆善用幻术，手段残忍，滥杀无辜，令苏灿意识到此事棘手，背后必定隐藏着一个惊天秘密......

神谕局特工高云龙（阮颂扬饰）受命进入明朝，在寻找此前已去的好友曹小妹（陈嘉桓饰）的同时追查时空扰乱的组织阴谋，同时帮助，从而陷入东林书院与东厂的纷争，东林书院成员接二连三遭到谋杀，然而对凶手的查找却毫无线索，书院大哥叶敬卿（宋庭隽饰）最终禀明朝廷，让皇上下令彻查谁在蛊惑人心，并直指东厂。至此，一场浩大愁情以正义收官，高云龙则留于明朝继续事业。