喜欢与水接触的七濑遥与朋友橘诚一起加入了岩鸢初中的游泳部。遥决定与诚、椎名朝日和雾岛郁也组成混合泳接力队。他们性格不同，思维方式不同，根本合不来。尽管如此，Haruka仍在思考如何才能成为一个团队，逐渐了解彼此，并越来越多地练习。

男孩很欣赏。

少年は憧れた。心をつかんで離さない弦音〈ツルネ〉に。青年は憎んだ。誰よりも尊敬していたあの人を。―あの日、音は聞こえなくなってしまった。―あの人は、何も言わずに去ってしまった。挫折と憎しみ...

市立见泷原中学，又迎来平静祥和的一天。就读于二年级的女孩鹿目圆（悠木碧配音）和朋友美树沙耶加（喜多村英梨配音）、志筑仁美（新谷良子配音）尽情讨论恋爱的话题，享受少女的快乐青春。这时班上转来了名叫晓美焰（斋藤千和配音）的新生，这个带着些许神秘气质的女孩让小圆颇感疑惑。与沙耶加下学回家路上，小圆听到呼救声，声音来自一只浑身伤痕累累的未知生物，而追杀它的正是晓美焰。危急时刻，她们得到同为见泷原中学学生的魔法少女巴麻美（水桥香织配音）的帮助，进而得知那只名叫丘比的生物有能够帮助人变成魔法少女的能力。少女们无意间开启了通往另一个世界的大门……　　本片为魔法少女的剧场版，分三部上映，由TV版12话重新编集而成。