索罗星球上挖掘出了第六文明的遗迹，主角——名叫雪姬·科斯莫的少年与其他地球人移民到了这里。挖掘出来的巨型机器人被称为Ideon，这个名字是FormosaSheryl从废墟中发现的文件中获得的。这个伊迪恩，是外星巴夫族传说中，作为伊德岛的巨神而流传下来的。卡拉拉·阿吉巴未经井出搜索队队长吉杰·扎拉尔的许可，前往索罗星球（洛戈·达乌饰）进行调查。科斯莫(Cosmo)、乔丹·贝丝(JordanBeth)和伊姆霍夫·卡莎(ImhofKasha)驾驶着Ideon，但两个人类种族都惧怕对方，称对方为外星人，而当他们试图消灭外星人以保护自己的星球时，战争不断升级。科斯莫和他的朋友们放弃了SoloPlanet，乘坐Ideon的母舰Soloship逃往太空。

主人公の少年ユウキ・コスモら地球人が移民したソロ星で、第六文明人の遺跡が発掘された。遺跡の文献からフォルモッサ・シェリルが導き出した名を取り、発掘された巨人ロボットはイデオンと呼ばれるようになる。 そのイデオンは、異星人バッフ・クランの伝説でイデの巨神として語り継がれていたものだった。イデ捜索隊隊長のギジェ・ザラルに無断で、カララ・アジバが調査のためにソロ星（ロゴ・ダウ）へ向かう。 コスモ、ジョーダン・ベス、イムホフ・カーシャがイデオンを操縦するが、二つの人類は双方とも相手を異星人と呼び、恐れ、自分の星を守るために異星人を殲滅しようとして戦火を拡大させた。 コスモ達はソロ星を捨て、イデオンの母船ソロシップに乗って宇宙を逃亡する。