延续前一集的剧情，狮子亚历克斯（本·斯蒂勒BenStiller配音）、斑马马蒂（克里斯·洛克ChrisRock配音）、长颈鹿迈尔曼（大卫·休默DavidSchwimmer配音）、河马格洛里亚（贾达·萍克·史密斯JadaPinkettSmith配音）以及企鹅们，为了能离开马达加斯加岛回到五光十色的纽约，对一架破旧的失事飞机进行维修改造，并成功起飞。当大家已经开始庆祝终于可以回到纽约时，飞机却意外降落，迫降到了非洲大草原上。在这儿，狮子亚历克斯终于见到了它的父母。但是由于生活习性上太多不一样，而且言行举止各异，使得这群纽约来的动物们显得格格不入。这群昔日纽约中央公园的动物明星们，在这野外艰难的环境中应该怎么办？虽然在这儿遇见了自己的同类，但因为习性不同，使得自己无法完全融入他们的群体。为了能融入环境，与同类们建立良好的关系，大家都是施展各种招式，笑料百出。

故事发生在二次世界大战的末期，德军在位于希腊的一个小岛上修建了巨大的潜水艇油库和秘密的火箭发射基地，尽管已是秋后的蚂蚱，但纳粹们的气焰依旧嚣张，他们残酷的对待战俘，并强迫他们超负荷工作。奇诺（特利·萨瓦拉斯TellySavalas饰）是当地的武装组织领袖，摧毁德军在岛上的一切设备是他的终极目标，被关押在战俘营中的布莱克（大卫·尼文DavidNiven饰），纳特（理查德·朗德特依RichardRoundtree饰）和多蒂（斯蒂芬妮·鲍尔斯StefaniePowers饰）看中了这一点，他们和奇诺取得了联系，试图暴力夺取岛屿的控制权。                                     行动很成功，曾经的战俘营司令里希特（罗杰·摩尔RogerMoore饰）如今沦为了俘虏，在众人的劝说下，里希特明白了抵抗的无效，他决定与当地抵抗组织们联手，彻底摧毁德军在岛屿上的窝点。

金是家中的独子，他的军人父亲寄予他高度的期望，更希望他也从军报效国家，可惜金始终无法活成父亲心中期待的模样，于是他心碎地逃离噩梦般的家庭。就在金离开家中的第三天，无依无靠的他邂逅了帅气的马克－一位似乎想极力摆脱过去的男孩。两个活在痛苦裡的灵魂各自抛下过往，并在异地相遇，他们能共同迎接幸福美好的新生活吗？