第三次世界大战已经发生，美国面临崩溃。九个陌生人躲藏在得克萨斯州农村农舍地窖。他们是在核攻击中幸存下来的受害者。他们在等待政府援救的同时必须得抵挡住饥饿，幽闭恐惧症，性格冲突，放射病和成群的恐惧，死亡的难民，这一切都能够随时将他们毁灭。不过很快最后的灾难来临了……

鸣人（竹内顺子配音）、小樱（中村千绘配音）和鹿丸三人进入深山寻找走失的雪貂，在回来的路上，他们遭到全副武装的骑士团的袭击。在激烈的对抗中，鸣人和对方的白甲头目特穆金一同跌落悬崖，两人被刚巧路过的商队所救。一路上，两个对手慢慢开始了解，继而得知特穆金要建立一个没有战争和灾难的乌托邦，而鸣人具有的神奇力量正是他们所需要的。与此同时，鹿丸则和小樱目击到一个巨型堡垒，他们发现堡垒四周满是穿着铠甲的武士。鹿丸偷偷潜入侦查，看见一群被禁锢在容器中的小孩，并听到关于吉鲁遗产的谈话。这与特穆金之间究竟有什么样的关联？　　本片为《火影忍者》第二部剧场版动画。

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一场紧张刺激的远古遗物争夺之战就要展开！地球上曾经存在一个伟大文明，拥有远胜现代人类的知识与科学实力，这个古老文明的遗物至今仍隐藏在世界各地。然而，遍布全球的高速通讯网路和卫星探测技术揭开了所有秘密...

一个名为“阿卡姆”的民间组织受到远古文明留下的讯息启发而成立。旨在保护及封印超古代文明的危险遗迹。加入“阿卡姆”的特殊工作人员，人们称之为SPRIGGAN。其中实力No.1的特工是一位叫作御神苗优（森久保祥太郎配音）的十七岁少年。在土耳其的一次调查工作中，“阿卡姆”竟无意地发现了诺亚方舟。方舟隐藏着毁天灭地的神秘力量，于是很多组织都开始窥伺这个传说中的远古遗迹。美国派出了半机械改造人小队与“阿卡姆”展开激烈的遗迹争夺战。而其中一个以神自称的改造人少年竟想私自利用挪亚方舟引发第二次洪水灭世……御神苗优是否能够阻止这一疯狂的计划呢？世界将会走向灭亡吗？