该剧以伊豆国豪族北条时政的次子、镰仓幕府第2代执权北条义时成为日本实际执政者的故事。该剧得名于镰仓幕府设置的十三人合议制。

祖辈相传的民俗作家一色正和（堺雅人饰）与仰慕他的青年编辑亚纪子（高畑充希饰）结为夫妇，新婚燕尔，夫妇俩亲昵无间，携手返回一色的出生地镰仓。回到镰仓不久，单纯的亚纪子就被眼前走过的河童小人吓了一跳。原来镰仓自古是妖气很重的一座城市，妖怪、幽灵毫无忌惮，随意现身；而当地人也见怪不怪，与异类和平相处，分外融洽。开朗的亚纪子很快就适应了这种新生活，她接纳着丈夫的怪癖，见证着幽灵和人类的牵绊，甚至还把一尊贫穷之神接纳家中。                                  　　可是就是这么善良的亚纪子，却遭到一个妖怪的暗算。她失去了身体，以灵体的状态游离世间，等同于死亡，这可急坏了一色……

舞春佑美（上田丽奈配音）是刚刚升上了高中的可爱女生，虽然十分渴望着能够骑着自行车上下学，但实际上，佑美并不会骑自行车。秋月巴（广濑友纪配音）是佑美青梅竹马的玩伴，为了帮助好友实现梦想，巴决定教会佑...

在一具被毁坏尸体的案发现场，遗留了一个黑色皮包，以及贴着“1号”标签的镰仓电铁玩具，十津川省三怀疑这是连续杀人事件的预告。一个男大学生背部遭人刺伤，现场留下了贴着“2号”标签的镰仓电铁玩具。警视厅和神奈川县警察开始了联合搜查。有一天，搜查本部收到了贴着“3号”标签的镰仓电铁模型...