故事設定在《CODEGEASS反叛的魯路修》的四年後

鲁路修本是帝国的王子，在母后遇害后，和失明的妹妹一起被流放到11区（原日本国）作为人质。在那里他们结识了日本王子朱雀，三人共同度过一段美好的童年时光。帝国最终全面攻陷了11区，鲁路修和妹妹的安宁生活再次被剥夺，朱雀和他们也分散了。鲁路修和妹妹隐瞒身份，过着看似平凡的学生生活。然而鲁路修心中对于帝国的仇恨却未停止。他希望摧毁帝国，为妹妹营造一个可以快乐生活的世界。这一切随着神秘少女C.C的出现变得不再遥不可及。此时朱雀也再次出现在他们的生活中，然而残酷的现实让童年的挚友难以重温童年往事。这里没有正义和邪恶，黑暗与光明，有的仅仅是艰难的抉择和难以预料的明天。

光和2年。

以面具反叛者ZERO之身份增强反布里塔尼亚势力·黑色骑士团的鲁路修，与被任命为第3皇女尤菲米娅之骑士的朱雀。各自增强实力的两人，迎来了命运的转机。身为11区副总督的尤菲米娅，宣布了行政特区“日本”的成立。行政特区日本的实现，意味着黑色骑士团存在意义的消失。为了打破这一状况，鲁路修尝试与尤菲米娅会面。为了所要守护之物而做好的觉悟。GEASS的代价。一缕希望与悠久野望一同遭到翻弄，使悲剧逐渐加速——

“东京决战”一年后，布里塔尼亚少年鲁路修在11区（原日本国）过着平凡的学生生活。但是，鲁路修与弟弟罗洛的一次出行，遇到了黑色骑士团的余党。在与少女C.C再次结成契约之后，尘封的记忆摆在了鲁路修的面前。...

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总集篇剧情有改动承接明年2月复活新作　　世界最大的国家·神圣布里塔尼亚帝国终于与黑之骑士团展开冲突。这正是鲁路修=面具男ZERO的计策。但唯一超出计算之事，令鲁路修感到困惑。那就是妹妹娜娜莉。另一方面，第2皇子修奈泽尔与黑之骑士团接触。他向扇和藤堂等人揭露了动摇他们统治的ZERO的秘密。战乱进一步激化，吞噬着众人的愤怒与悲伤、执着与愿望。为了未来，现在应该去做什么？这就是零之镇魂曲。埋葬涂满憎恨的旧时代，开拓新时代的祈祷。鲁路修与朱雀的故事，迎来冲击的明日。

《CodeGeass反叛的鲁路修》故事以被神圣不列颠尼亚帝国侵略而亡国的日本「11区」作为出发点。立志粉碎帝国的黑色王子鲁路修，与坚持公理的白色骑士朱雀所掀起的巨大变化。作品自2006年推出至今，已推出不少关联续作以及相关合作，至今仍有一定的支持者以及粉丝。

故事发生在某个晴朗的下午，鲁鲁修与娜娜莉一起度过着安稳的时间。突然，娜娜莉向鲁鲁修请求：“想再听以前在皇宫的庭院哥哥讲的那些充满快乐的故事”。为了满足自己珍爱的妹妹的希望，于是鲁鲁修对《CODEGEASS》系列的登场人物使用GEASS的力量。“鲁鲁修・V・不列颠尼亚命令，《CODEGEASS》的角色们啊，成为我所讲故事的登场人物吧，使我最爱的妹妹娜娜莉高兴！”就这样开始了《CODEGEASS》历史上最大规模的GEASS浪费，新的不思议之国的故事就此上演。