故事发生在私立学院的解谜部之中，井藤野乃叶（清水香里配音）是解谜部的创始人，解谜部以解开世界各地难解之谜，参加全国高中生解密选手赛为目标活跃在校园之中。

东京都内发生一起连环爆炸事故，警视厅搜查一课林田虎之助（水岛宏饰）与上司丹原朋实（香川照之饰）在现场逮捕了疑似嫌疑人的古怪男子九十九龙介（木村拓哉饰）。警视厅内，龙介却利用缜密的推理能力很快揪出...

TVアニメ『ファイ・ブレイン〜神のパズル』2013年、第3シリーズ放送決定！「パズルタイムは終わらない！」2013年、『ファイ・ブレイン〜神のパズル』第3シリーズの放送が決定いたしました！「ファイ・ブレイン」らしい、驚きに満ちた物語をお届けすべく、鋭意制作進行中です！新たなカイトたちの物語にご期待ください！「来年まで待ちきれない！」そんな方は、来週9月30日（日）午後5:30から放送予定の「もっと×2神のパズルスペシャル」や、10月7日からの第1シリーズ再放送などを見ながら、しばしお待ちいただければ幸いです。お楽しみに!!

在第2季中，将会有新的敌人出现在主角大门界人的面前，故事将继续围绕“OrphismOrder”和“PhiBrain”之谜展开，并且随着这些谜题的越发悬疑，界人的战斗热情也越发高涨。将会有怎样的命运等待着界人，界人与同伴间的羁绊又会如何呢？相信这一切都将会在第2季中得到解答。