接續前作“哥吉拉X機械哥吉拉”的故事，一年前與哥吉拉（Godzilla）的決戰，機龍（機械哥吉拉Mechagodzilla）受損程度37%，失去了右腕及終極武器-絕對零度炮。　　維修組員中條義人在八王子基地負責修復機龍的工作。某日中條在他叔叔信一的別墅家渡假時，嬰兒島的小美人精靈竟然出現在他們眼前。小美人給他們一個忠告：人類用哥吉拉骸骨製造出機龍是個嚴重的錯誤，如果出動機龍，摩斯拉就會變成人類的敵人。於是信一設法說服老友也是身為總理大臣的五十嵐，希望能中止機龍的計劃。但就在此時，太平洋又出現哥吉拉的影蹤…

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在那遥远的宇宙那一边，来自未知世界的威胁正在步步逼近，恐怖的侵略魔爪正在向地球袭来…… 西历2000年，伴随着人类科学的不断发展，人类迎来了凭借“G反应机关”获得梦之能源的光辉代。在首都メトロポリタン与纽约之间的的梦幻子弹列车“闪电号“（时速500公里，行程1.5小时）的开通式上，素不相识的比利·其姆拉，贝尼·卡特和罗塔3人被卷入了不可思议的事件之中——就在眼前的“闪电号”列车居然在彩虹色光芒的包围下之消失了…… 比利和贝尼开始追查事件缘由，经过调查，他们发现世界各地都发生了同样的蒸发事件，事实真相被不置可否地掩盖，人们在完全不知道威胁即将来临的情况下不明就里地生活着。国连为了查明原因，设立了极秘的地球防卫组织“迷宫机关”，与即将发生的恐怖事件相对抗。 在偶然的机会下，比利和贝尼开始与“迷宫机关”共同行动，二位少年与迷之宇宙人战斗的超特作科学冒险物语就此展开……

奥地利著名医学博士海尔漫·格迈纳先生创办的SOS村在我国正式诞生了，它开创了我国以家庭形式抚养孤儿的新时代。某市SOS村的妈妈们做好一切准备工作，迎来了第一批孩子。夏悦领走二牛和岚岚；海桃领去毛毛；穆秀华领养了春萍和春秀两姐妹。8岁的二牛由于自幼失去父母，性情古怪，夏悦想尽办法与他亲近，却屡次被他拒绝。而同时，二牛又是一个极富正义感和同情心的孩子，对穆家孩子春萍经常打骂妹妹春秀很不满，每当春秀受到欺侮时，二牛总是挺身而出保护她。岚岚是个聪明、懂事的小姑娘，可嫉妒心很强，不容人。看到夏悦妈妈对二牛的关心，心里酸溜溜的，所以经常在夏悦面前说二牛的坏话。一天，岚岚利用二牛对春萍的不满，给他出谋划策，故意让二牛犯错误以便提高自己在妈妈面前的威信，独搅妈妈的爱。单纯的二牛没想到因此惹出了一场祸。全村大会上，穆秀华主张把二牛送走，夏悦不同意，她向大家讲述着二牛进村后的变化，并自责自己是个不合格的妈妈。夏悦的一席话教育了二牛，他哭着向大家承认的错误。其他孩子也勇敢地站出来，证明是岚岚给二牛出的主意。岚岚觉得没脸见人了，跑出了儿童村。为了寻找岚岚，夏悦病倒了。岚岚来到夏悦的床前，向妈妈承认了自己的错误。第二天，夏悦支撑着病体去为孩子们做饭，发现孩子们为了照顾她累得倚在楼梯上睡着了，一股暖流涌上夏悦的心头。孩子们醒了，望着为自己日夜操荣的妈妈，二牛再也按捺不住内心激动，一头扑到夏悦的怀里，深情地呼唤着：妈妈……